康熙操纵党争，使令互攻，藉以获知双方的隐私弱点，握有把柄在手，不即发作，只责令其尽心公事。臣下怀德畏威，无不格外巴结。如李光地道学面目早为彭鹏揭破，而康熙任使如故，李光地何得不尽心尽力。至于彭鹏虽一时斥责，亦终究重用，驭下之妙，无与伦比。康熙六十一年盛世，洵非虚致。
许三礼之留任，对徐乾学自是一个警告，因于这年冬天，上疏乞归，自言：
臣年六十，精神衰耗，只以受恩深重，依恋徘徊。宪臣许三礼，前因议先贤、先儒坐位，其言不合经典，臣与九卿从对之时，斥言其非，本以公事相争，不谓触其私怒，捏造事款，逞忿劾臣。幸圣主洞烛幽隐，臣欣荷再生，但臣方寸靡宁，不能复事铅椠，且恐因循居此，更有无端弹射，乞恩终始矜全，俾得保其衰病之身，归省先臣丘陇。庶身心闲暇，愿比古人书局自随之义，屏迹编摩，少报万一。
愿以“书局自随”，犹冀复起入朝。康熙此时还未决定对徐氏兄弟应持何态度，因而一贯优遇，降旨褒奖。这是二十八年十一月的话，到了二十九年二月动身南归，陛辞时康熙特赐“光焰万丈”匾额。此用韩愈诗“李杜文章在，光焰万丈长”，嘉美异于常情。但亦可能是警告，改“光”为“气”则“气焰万丈”，便足致祸。
果然，徐乾学回到昆山不久，两江总督傅拉塔便有一奏严劾。傅拉塔，《清史稿》作傅腊塔。伊尔根觉罗氏，隶镶黄旗，笔帖式出身，居官颇有政绩，谥清端，雍正中入祀贤良祠，凡此恤典，决非幸致，是则劾徐乾学可信其非尽为明珠修私怨。其疏兼劾徐氏兄弟子侄，江苏巡抚洪之杰等，原疏胪列多款，引录如下，以见彼时的吏治绅权：
凡为人臣，宜感戴上恩，不负养育。乃有不遵法度，彼此施威，朋比背恩，以官职为生理，公然受贿，扰害地方。如巡抚洪之杰，原任刑部尚书徐乾学，大学士徐元文，并伊等子侄秽迹，谨胪列陈之：
康熙二十八年，徐元文升任大学士，洪之杰谄媚，制金字大匾一方，旗杆二根，旗上金镌“瑞协金瓯，泰开玉烛”八字，委督粮同知姚应凤，赍至徐元文前树立。复送贺仪一万两，徐元文之子，举人徐树本亲收。
康熙二十八年，原任松江府知府赵宁，投拜徐元文门下，馈银一千两，徐元文之侄徐树屏、徐树敏亲收。
康熙二十八年，苏松常三府，采买青蓝布解部，以少价买多，支销银一万四千余两，洪之杰、赵宁、徐树本等分肥。
徐元文之子徐树声，自京到巡抚衙门，称有要紧密信，因开门稍迟，喝打门吏，洪之杰听闻，忙即大开中门，鸣锣击鼓，作乐迎道，衙役路人，皆为耻笑。洪之杰于康熙二十八年，因重犯减等案内，部议革职，蒙皇上宽宥降级留任，而元文、乾学冒恩，以为己力。洪之杰将银二万两，令原任松江知府赵宁，送徐树本收。
康熙二十八年，阊门外居民钦涞、钦鼎丞，彼此争讼，徐树敏见钦鼎丞家裕，嘱托巡抚，令钦涞、钦宸枢控告，许钦鼎丞银一千两，交与伊家人徐孔昭、李孔章兑收。
徐树声兄弟，前往苏州府承天寺内，瞰琅山房恶僧等富厚，诈银一千两，嘱巡抚止留琅山房之僧，余房僧尽皆驱逐。后被逐之僧，及众百姓为留恶僧，反将好僧逐出，公愤怨憾。
徐树本唆王缉植之母，告同县监生李端匏，久不葬亲，诈得李端匏银四百两。
原疏胪列尚多，凿凿有据，但以彼时官场而论，不算大过。因此，康熙从宽处置，只令徐元文休致。但情势外弛内张，而同时及后世对徐氏兄弟颇多怨词，此亦可怪之事，如《清诗纪事》：
元文原品休致，舟至临清，榷关者发视箱箧瓶无遗，冀验其货贿，竟无所得。乾学非能清白自矢者，特狼藉不如人言之甚，身后藏书斥卖殆尽，诸子困穷，非虚饰也。报复者修怨未已，元文、乾学先后以忧死，党局始稍结。元文撰含经堂集三十卷、别集二卷、附录二卷，与乾学澹园集俱无人为之作序矣，盖忧危中虑为人执持，刻成不敢公然行世。
按：今传《园文集》有宋荦序，作于康熙三十六年。又《十朝诗乘》载：
健庵以尚书里居被逮，门生故旧相率避匿，独韩慕庐宗伯，以小舟送至淮上。秦小岘过昆山诗有云：“平生师友一长洲，患难周旋共白头。”指此。
姜西溟苦寒行谓立斋身后营葬，亲故无视窆者，其诗云：“君不见，徐相国，一朝抱恨返故乡，经岁得疾归蒿里；卖得遗庄营墓田，葬在虎丘山绿墅，虎丘山寺遍游人，会葬曾无一近亲?就中何物最情殷，朝闻鸱啼暮愁狷。劝君闻此休叹息，是年向尽无气力，哪得青蝇为吊客。”死生贵贱间，世态如此。
韩慕庐即韩，苏州人，康熙十二年会状。陈寅恪谓江浙间以韩科名得意，所以取名为“”著极多。韩，徐乾学门生，敬礼师门，始终不改。曾有“上健庵师诗八章，以‘既明且哲，以保其身’为韵。”
但谓徐乾学“里居被逮”，殊有未谛，被逮者为徐乾学子树敏。《清史稿》本传：
三十年，山东巡抚佛伦，劾淮县知县朱敦厚加收火耗论死，并及乾学尝致书前任巡抚钱珏，庇敦厚，乾学舆珏俱坐是夺职，自是者不已。
嘉定知县闻在上，为县民讦告私派，逮狱。阅二年未定谳，按察使高承爵穷诘，在上自承尝馈乾学子树敏金，至事发后追还，因坐树敏罪论绞。会诏戒内外各官，私怨报复，树敏得赎罪。三十三年，谕大学士，举长于文章、学问超卓者，王熙、张玉书等。荐乾学与王鸿绪、高士奇，命来京修书。乾学已前卒，遗疏以所纂《一统志》进，诏下所司复故官。
徐乾学之死，据邓石如说：“三十三年，有诏取乾学、鸿绪、士奇回京修书。乾学知有死者来，而不测祸幅，遂卒，盖悸死也。”邓石如的话必有根据。徐乾学卒于康熙三十三年七月十七日，据石蕴玉所撰徐传：“甲戌卒于家，有旨召回己不及矣!”又郑方坤撰徐传：“逾年诏以原官起用，而宣纶之日，即为撤瑟之辰。”皆为隐笔。
邓石如以为徐乾学死后，“文士多作诗哀思之，鲜有刺讥者，不知其何以得此?”此在韩所撰徐乾学的行状中，或可求得解答：
睢州汤公之抚吴，不名一钱，及为尚书，殁无以殓，公亟出橐中金助之。他朝士故友之丧，如检讨陈君维崧、倪君灿、吴君任臣、黄征君虞稷、吴孝廉兆骞，皆公一人为之经纪，不以告人。陆御史陇其有直声，殁而公哭之哀，将为之营葬，且志其墓，会公亡，御史至今葬无时也。
公故负海内望，而勤于造进，笃于人物，一时庶几之流，奔走辐辏如不及……公迎致馆餐而厚资之，俾至如归……后生之才俊者，延举荐引无虚日……或穷困而来投，愀然同其忧，辄竭所有饮助，不足更继之以质贷亦不倦。以故京师邸第，客至恒满不能容，僦别院以居之。
登公之门者甚众……或出而仕于四方，坐公家逋欠至百千不能自拔，赖公营救得归者，亦比比而然。
按：徐乾学于康熙十一年壬子为顺天乡试副主考，拔韩于落卷中，癸丑联捷为会元，复得大魁天下。韩感于知遇，行状中不免溢美，但大致皆为实情。顺康之际，若钱牧斋、龚芝麓等，爱才好客，一时名士受其惠者极多，徐乾学亦复如此。但此亦为康熙所鼓励，假手于徐乾学笼络名流、安抚士人，当时在江南的曹寅亦负有此种任务。明乎此，可知康熙对“四方玉帛归东海”之谣，淡焉置之，其故安在。更可知徐乾学殁后何以四方文士多作诗哀之，而罕讥刺。
徐乾学“哭之哀”的陆陇其与汤斌齐名，为康熙朝理学名臣。他是唐朝陆宣公之后，亦为明朝嘉靖年间有名的“锦衣卫大堂”陆炳之后。《清史稿》本传：
陆陇其，初名龙其，字稼书，浙江平湖人，康熙九年进士。十四年，授江南嘉定知县。嘉定大县，赋多俗侈，陇其守约持俭，务以德化民……
十七年，举博学鸿儒，未及试，丁父忧归。十八年，左都御史魏景枢，应诏举清廉官，疏荐陇其洁己爱民。去官日，惟图书数卷，及其妻织机一具。民爱之比于父母，命服阙以知县用。二十二年，授直隶灵寿知县……二十九年，诏九卿举学问优长、品行可用者，陇其复被荐，得旨，行取。陇其在灵寿七年，去官日，民遮道泣，如去嘉定时，授四川道监察御史。
陆陇其入台之时，正当康熙继平三藩以后，策划第二次大征伐，打算亲征噶尔丹。清初用兵，如俗语所说：“人马未动，粮草先行。”尤其是出塞远征，必先遣大员筹办屯积传输之事。户部以军需浩繁，请开捐例，中有一新名目，谓之“捐免保举”。照成例，捐州县保举，须有督抚班子，方得补缺。陆陇其以为保举可以捐免，则捐纳与正途无异，且保举者保举清廉，可由捐而免，则是清廉亦可捐纳而得，因上疏反对，且进一步建议：捐官而三年无保举者，休致。上谕交九卿会议具奏；结果认为三年休致之议太刻，果然如此，求保者奔杂更甚。陆陇其复又上言：
捐纳一途，实系贤愚错杂，惟恃保举，以防其弊。虽不敢谓督抚之保举尽公，然犹愈于竟不保举也。今若并此去之，何以服天下之心?即贪污之辈，自有督抚纠劾，而其侥幸获免者，遂与正途一体升转。虽有次年三月停止之期，而此辈无不先期捐纳，即无不一体升转未可云无碍也。至于到任三年，无保举者令休致，谓恐近于刻，不知此辈由白丁捐纳得官，其心惟思偿其本钱，何知有皇上之百姓。踞于民上者三年，亦已甚矣，又可久乎?况休致在家，仍得俨然列于缙绅，为荣多矣。若谓将届三年，辄营求保举，此在督抚不贤，则诚有之，若督抚贤，何处营求?且即使督抚不贤，亦必不能尽捐纳之员而保举之，此休致之议亦从吏治民生起见。未有吏治不清，而民生可安者!未有仕途庞杂，而吏治能清者。
其时捐免保举者极多，因陆陇其一疏，事在未定，以致多持观望。户部大为不满，策动九卿，作成一项决议，以陆陇其“不计缓急轻重，浮词粉饰”，捐生“犹豫观望，紧要军需，因此延误”，奏请将陆陇其革职，发往奉天安插。
所谓“发往奉天安插”，即是编入汉军，成为旗人。这是当时对有民族意识的汉人，最恶毒的精神侮辱。幸而圣祖之为圣，知道陆陇其极得民心，畿辅百姓，多以陆会充军担心，因而降旨宽免。不久，复命巡视北城。巡城御史犹如地方官，北城又为内务府及太监聚居之处，想来陆陇其必有一番裁抑豪强的举措，可惜史无可征。
陆陇其和平笃厚，涵养功深。《三鱼堂日记》有一条云：
辛未六月十四日在阙右门会议捐纳保举一事，忽起大风波，至二十二日始得宽免之旨。方颠沛时，最承相爱者，满人则钟申保，汉人则同衙门各道长。外如谭祖豫之计划盘费，张长史之殷勤执贽，崔平山之踌躇前路，皆有古风，而沈乐存之慷慨愿救，尤同衙门之杰出也。
后人就此条日记，评论陆陇其的为人，颇为公允，其言如此：
清献官声学派，冠冕昭代，世无异辞。观此一事，于参劾不公之上司绝无怨言，而于同朝故旧偶有一言之申救、一事之图维，耿耿不忘，一若真受再生之德者，非圣贤中人，哪得如此和平?如此笃厚?
“三鱼堂”为陆陇其的祖父所筑，得名由来有一段故事，《清朝野史大观》记：
陆稼书曾祖溥为丰城县丞，尝督运夜过采石。舟漏，跪祝曰：“舟中一钱非法，愿葬鱼腹。”漏忽止。且视之，则水荇裹三鱼塞其罅，人称为圣德之，溥子束迁居泖上，筑堂名三鱼堂，今稼书文集称《三鱼堂》。
他书亦有此记载，所督运者为公款，倘或出事，责任不轻。三鱼塞漏，嘉其不欺。汤、陆之为真理学，即以表里一致，而言行亦自有曲体人情、循枉求直之处。《清人笔记》中记其轶事，可见其人：