南京城兴工于洪武二年，历时四载方始告成，除了沈万三负责三分之一的工程以外，并遣发重囚服役。南京城的坚固是出名的，以花岗石为基，巨砖为墙，并煮糯米为浆，加入石灰，涂敷墙外，所以随便找一处敲击，所呈现的颜色都为纯白。这样坚固的城池，只要粮食不缺，守个三年五载都不成问题。
但是，只要有了奸细，金汤之固亦如片纸之薄。奸细有二：一是谷王橞，二是兵败还京、建文帝不忍加诛的李景隆。这两个人守南京北面靠西首的那个金川门，望见燕师沿长江迤逦西来，开城投降，京师沦陷。
建文帝之谜，即从此一刻开始。先要从燕王说起，照《明史·成祖纪》载：“是日王分命诸将守城及皇城，还驻龙江，下令安抚军民。”按：龙江有二：一为龙江关，在仪凤门外，那是在南京西门；一为龙江驿，在离金川门十五里的江边。照燕王进兵的路线看，此龙江自是龙江驿。
问题在这里，燕王既入金川门，何以不进皇城而退处龙江？这是给时间让建文帝有以自处。在燕王的想法，结果不外乎逊位让国或者自裁。照明朝的官史记载，建文帝是走了第二条路，如仁宗御制“长陵功德碑”：
皇考虑惊乘舆，驻金川门，遣人奉章，言所不得已来朝之故。奸臣苍黄，知罪不宥，闭皇城门不内，而胁建文君自焚。皇考闻之大惊，发众驰救，至已不及。皇考仰天恸哭曰：“臣之来也，固将清君侧之恶，用宁邦家，何不寤耶？”遂备天子礼殓葬。
按：燕王即位，是为成祖，崩后葬长陵。仁宗以子述父，应该是最正确的；可是到了仁宗之子宣宗修《成祖实录》，说法又不一样了：
时诸王及文武群臣父老人等皆来朝，建文帝欲出迎，左右悉散，唯内侍数人而已，乃叹曰：“我何面目相见耶？”遂阖宫自焚。上望见宫中烟起，遣中使往救，至已不及，中使出其尸于火中，还白上，上哭曰：“果然若是痴耶？吾来为扶翼尔为善，尔竟不谅，而遽至此乎？”