郑和前后出使七次，历时三十年，所经南洋三十余国。但是，他的任务到后来显然变质了，由访建文帝的行踪转变为外交工作。因此关于“建文帝之谜”，郑和这部分的情形，可以不谈。
建文帝做了和尚，或者说扮做和尚出亡，事无可疑。所成为谜者，是他离京时的情况，以及此后数十年的行踪。有明一代，不断有人想探索这个谜，甚至强作解人来解答这个谜。到了清初修《明史》时，因为“朱三太子”一案，于“靖难”史实有所顾忌，湮灭了若干真相，使得本来就不甚易解的谜，越发难解。但以史学的眼光来看，由这个谜带来的两个问题才是最值得去探索的：第一，成祖取得皇位以后，大局很快地就稳定了，何以对做了和尚的建文帝耿耿于怀至二十年之久？第二，建文帝生来颅骨偏歪，此是极易辨认的一个特征，何以成祖暗中搜索至二十年之久，未得确实结果？这两个问题，似乎历来研究明史的专家，都未曾并在一起研究过，值得重新加以体认。
建文帝之谜难解，原因之一是不仅为建文一个人的问题。当燕师入京之日，朝官不愿投降的，多在当天夜里从城上用绳子吊到城外，一夕之间遁去者四十余人，其中有的列名于成祖的“奸臣榜”中，被抓了回去，有的从此不知所终。而随建文帝出亡的，据说亦有二十余人之多，这些人的下落无人知道。怀念忠义，兼以好奇，于是有许多神秘的传说自明初流行到明末。这些传说，有一部分被收入《明史》，如“河西佣”、“补锅匠”、“云门僧”、“若耶溪僧”、“玉山樵者”等等。细察传说的内容，实为寓言，如：
河西佣，不知何许人。建文四年冬，披葛衣行乞金城市中。已，至河西为佣于庄浪鲁氏，取直买羊裘，而以故葛衣覆其上，破缕缕不肯弃。力作倦，辄自吟哦，或夜闻其哭声。久之，有京朝官至，识佣，欲与语，走南山避之，或问京朝官：“佣何人？”官亦不答。在庄浪数年，病且死，呼主人属曰：“我死勿殓，西北风起，火我。勿埋我骨。”鲁家从其言。（《明史》一百四十三）