神宗对张居正的反感，固不仅因为他辅教严厉，而且在知人事以后，发觉他满嘴仁义道德，而行事不符所言。先谈顾命一事：当穆宗驾崩时，召内阁大学士受顾命，照资望以高拱为首，其次张居正，再次高仪。明朝首辅权重，而张居正又是不甘居于人下的，因此与高拱平日就不睦，坏在高拱不了解张居正居心深刻、手段毒辣，以致甫受顾命即遭斥逐。《明史纪事本末》记：
上（穆宗）不豫，己酉大渐，召阁臣高拱、张居正、高仪至乾清宫受顾命……上困甚，太监冯保宣顾命。翌日，上崩。六月甲子，皇太子即位，年始十岁，时太监冯保方居中用事，矫传大行遗诏曰：“阁臣与司礼监同受顾命。”廷臣闻之俱骇。一日，内使传旨至阁，拱曰：“旨出何人？上冲年，皆若曹所为，吾且逐若曹矣！”内臣还报，保失色，谋逐拱。拱与居正俱负气不下，居正乃结保自固。……拱内虑保专恣，与居正、仪谋去之。居正阴泄之保，乃与保谋去拱。六月既望，昧爽，拱在直，居正引疾。召诸大臣于会极门，促居正至。拱以为且逐保也，保传皇后、皇贵妃、皇帝旨曰：“告尔内阁、五府（高阳按：前后左右中五都督府）、六部诸臣，大行皇帝宾天先一日，召内阁三臣御榻前，同我母子三人，亲受遗嘱曰：‘东宫年少，赖尔辅导！’大学士拱揽权擅政，夺威福自专，通不许皇帝主管。我母子日夕惊惧，便令回籍闲住，不许停留。尔等大臣受国厚恩，如何阿附权臣，蔑视幼主？自今宜洗涤忠报，有蹈往辙，典刑处之。”拱即日出朝门。
冯保此举自然出于张居正的主谋，而成事的关键，在于神宗生母要结外援才能强化她的母以子贵的地位。清朝咸丰十一年“辛酉政变”，慈禧太后与恭王取得联络，回銮之日出密诏捕诛肃顺，整个谋略就是此案的翻版。
神宗最初敬礼张居正，颇见至诚。万历元年，也就是神宗十一岁那一年，命成国公朱希忠、大学士张居正知“经筵”——为皇帝进讲诗书，称为“经筵”；以神宗冲年而论，则张居正实为“师傅”，与平常的“经筵讲官”性质大不相同。有一天张居正忽然不舒服，大概是感冒之类，在直庐休息，神宗亲到暖阁，手调椒汤以赐；夏天进讲，特命太监为他打扇，冬天则以毡片铺地。