因此，李三才被劾，顾宪成为他致书宰相叶向高申救。李的被劾起于工部郎中邵辅忠说他“大奸似忠、大诈似直”，有“贪、伪、险、横”四大罪；御史徐兆魁采取了同样的行动。于是一面李三才上疏自辩，也有人为他说话，一面是攻者不绝，而神宗一概不理，牵延数月，纠纷越闹越大。叶向高奏言：“三才已杜门待罪，宜速定去留。”神宗依然“不报”。此时顾宪成致书叶向高，称李三才廉直；在野名流致宰相的这一私函居然见于“邸报”，传播海内。此虽是异闻，而亦足见东林已隐操天下清议。
李三才的案子，最后的结果是：他自请罢官的奏疏“十五上，久不得命，遂自引去，帝亦不罪”，变成不了了之。但党争在这一案中已充分表面化，门户壁垒亦在这一案中充分形成。
顾宪成自谓：做京官志不在君父，做地方官志不在生民，“居水边林下，志不在世道，君子无取焉”！这是他在东林于讲学以外，“讽讥朝政，裁量人物”的理论根据。中国读书人的传统，以天下为己任，他有权这样做，也应该这样做；衡之现代民主政治的法则，更非有此批评的自由不可。但如实际干与政治，就是件非常危险的事，顾宪成为李三才一案开了一个异常严重的恶例。今天我们论明朝党祸，以为东林亦不得辞祸国之咎，主要的原因就在此。
在顾宪成时代，徐兆魁攻东林有言：
浒墅有小河，东林专其税为书院费，关使（按：指浒墅税使）至，东林辄以书招之，即不赴，亦必厚馈。讲学所至，仆从如云，县令馆谷供亿，非二百金不办。会时，必谈时政，郡邑行事偶相左，必令改图。
徐兆魁的话，在当时认为“恣意诬诋”，而至末流，却成事实。东林最后的领袖为张溥，学者称“西铭先生”，力量足以产生宰相：崇祯十四年周延儒复起，即是张溥的操纵。《明史》三百八《周延儒传》：张溥说延儒：“公若再相，易前辙可重得贤声。”其后诏起入京，“溥等以数事要之，延儒慨然曰：‘吾当锐意行之，以谢诸公。’既入朝，悉反（温）体仁辈弊政”。于此可见东林在政治上的影响力。英国有“影子内阁”，张溥此时，可谓“影子宰相”。