会审庞保、刘成，就因为太子这道出于王安手笔的令旨无结果而散。此外案内有名的马三道、李守才、孔道等人，刑部定了充军的罪名，神宗准如所请。而庞保、刘成则在宫内被处死；这自是郑贵妃在取得神宗的许可以后，杀以灭口的手段。
梃击一案，到此告终，时为万历四十三年六月。此后数年，太子得能安然无事，无疑地，是王之寀等人的功劳。但齐、楚、浙三党的恶势力依旧猖獗。在此三党专政之际，外患日亟，国事益坏，兹简记清太祖努尔哈赤崛起的过程如下：
万历四十四年正月朔，满洲诸贝勒大臣奉表劝进，尊努尔哈赤为覆育列国英明皇帝，国号“大金”，建元“天命”，定都兴京。（按：清为女真族，所以不久又改国号为“后金”，以为区别；至清太宗时因为清人对金夙具恶感，所以改为声音相近的“清”，且颇讳言“女真”及“金”的字样。）
四十六年二月，清太祖以“七大恨告天”为借口而伐明。五月，抚顺失陷。九月，神宗加天下田赋，每亩三厘五毫。
四十七年，辽东经略杨镐由沈阳四路出师，兵员号称四十七万，大败，死四万五千余人。八月，清灭叶赫，从此海西四部尽属于清。十二月，神宗再加天下田赋，仍为每亩银三厘五毫。
四十八年三月，再议加赋，每亩二厘。
三年三次加赋，每亩的赋税共计增加了九厘，并且由临时的加派转变为永久的定额，而内库之积如山，神宗不肯拿出来供作军费，有个叫张铨的御史有段极沉痛的话：
譬之一身，辽东肩背，天下腹心也。肩背有患，犹借腹心之血脉滋灌；若腹心先溃，危亡可立待。竭天下以救辽，辽未必亡而天下已危。今宜联人心以固根本，岂可朘削无已，驱之使乱？且陛下内廷积金如山，以有用之物置无用之地，与瓦砾粪土何异？乃发帑则以阍不应，加派则朝奏夕可，臣殊不得其解。
万历三次加派，所谓“民失其乐之心”，为造成明末流寇的主因。内忧招致外患，外患加深内忧，明朝就亡在这样一个互为因果的恶性循环之下。