袁世凯奉旨后，遂具疏谢恩，启程回籍。疏云：
伏念臣自遭大故，叠次陈情，仰蒙温言慰勉，糜躯莫报，刻骨难忘。溯臣母弃养以来，备沐饰终之典，义方教子，九州共闻天语之褒；封诰荣亲，一品特极朝班之贵。凡此恩施之渥沛，均非梦想所敢期。兹以卜兆之届时，复荷恩纶之下逮，深宫垂眷，备及岁时飨祭之周详；慈母承恩，永为宗族交游之光宠。在圣人孝治天下，礼莫大乎尊亲；在微臣身有自来，感尤深于生我。子孙世世，荷高天厚地之隆施；寒食年年，奉清酌庶馐以告献。虽恩荣之备至，惭报称之无由。臣惟有谨将应办事件从速清厘，克日束装，戴星就道。故乡千里，履霜露而倍觉怆凄；帝陛九重，恋阙廷而敢有濡滞。一俟葬亲之事毕，从此报国之日长。
袁回籍，随带官员、仆从及护卫兵队至数百人。盖袁自出山以来，迄今为第二次还乡。或谓袁昔丁嫡母忧回籍，曾受乡里侮辱，即矢题桥之志。故此次格外铺张，炫耀乡里。夫以现任堂堂之总督，奉命葬亲，在官场已属应接不暇，又加以袁好张煌，遂使直豫两省簪缨之辈，袍笏联翩，肩摩毂击矣。时北京有《公益报》，曾著有衣锦还乡论以讽之，遂触袁之怒，其记者皆被捕，《公益报》亦消灭。
中国虽有多妻之习俗，而嫡庶之界限亦极严重。袁氏家风，尤重礼法。世凯本为嫡兄辈所轻，其仲兄世敦，人极严厉，袁初甚畏之，凡事皆须请命于其兄，不敢稍越范围。世凯此番回籍，官居极品，领袖封疆，既荷天语之褒，又赐祭祀，为袁氏从来未有之殊荣。一切丧葬礼节，世凯多不禀命于兄，有所僭越。其仲兄常援嫡庶之制以限之，世凯置若罔闻，世敦难之益力。初其兄命地师为世凯生母卜地祖茔侧，世凯以非吉壤，又另延地师卜择他处安葬，由是手足遂参商云。
袁世凯葬亲既毕，遂绕道长江一带地方，回直隶本任。盖袁此时虽总封圻，而于东南各督抚皆无一面。自温处道至总督北洋，仅数年间耳。南省各督抚如张之洞者，皆资深望重，其所以不识袁者，由袁迁升太速之故。或谓袁特枉道江南，系联络各督抚也。当袁世凯回籍，北洋大臣交直隶藩司吴重熹护理。袁世凯回津，疏陈接回印绶，即奉谕云：
袁世凯着派充督办商务大臣，与张之洞会同办理。并会议各国商约事宜。钦此。
十一月初九日又奉谕云：
现在八旗挑选兵丁，已逾万人。著派魁斌、溥伦、桂春、景沣、荣庆、铁良于所挑人数内，再行挑选四千人。并著姜桂题随同遴选。所挑之人数，先派三千人交袁世凯认真训练，期成劲旅。其未经挑入之兵丁，如有尚堪充选者，着一并记名，俟著有成效，再行轮次分派前往，俾资练习。钦此。
袁得训练八旗兵丁之旨，即请训入都陛见。召对之顷，面陈无兵不能立国，各省绿营除湖北一省外，仍多旧制，徒糜国帑，非各省通力合作不可。此时西太后视其为股肱心腹，言无不听。遂下诏云：
练兵之道，最忌纷歧。曾经迭次降旨，饬各省督抚整顿兵制，期归一律。乃近来各省奏报仍多搪塞，绝少切实办法，殊难望有成效。查北洋、湖北训练新军颇具规模，自应逐渐推广。所有河南、山东、山西各省，著速即选派将弁头目，赴北洋学习操练。江苏、安徽、江西、湖南各省，选派将弁头目，赴湖北学习操练。成后即发回各原省，令其管带新兵，认真训练，以资得力而期画一。每年由湖北、北洋请旨简派人员，分往校阅，按其优劣严加甄别，用副朝廷整饬武备、实事求是之至意。其详细章程，着袁世凯、张之洞妥议会奏，请旨遵行。钦此。
是月二十七日又奉谕云：
正阳门工程，着派袁世凯、陈璧核实查估修理。钦此。
十月十七日又奉谕云：
前因电务为军国要政，应归官办。已谕令袁世凯、张之洞筹还商股，将各电局悉数收回，候派大员经理。着即派袁世凯为督办大臣，直隶市政使吴重熹，着开缺以侍郎候补，派为驻沪会办大臣。该局改为官办之后，其原有商股不愿领回者，仍准照旧合股。朝廷于维持政体之中，仍寓体恤商情之意。该大臣等务当通筹全局，认真办理，将从前积弊一律剔除，以期上下交益。钦此。
清光绪二十九年癸卯春正月，奉廷谕云：
三载考绩，为国家激扬大典。京内外满汉诸臣，有能恪供职守，劳绩最著者，允宜特加甄叙，以示优异。兹当京察届期，吏部开单奏请，朕详加披阅。（中略）直隶总督袁世凯，（中略）尽心规画，劳怨不辞，均着交部议叙。钦此。
是年三月二十五日又奉谕云：
通商惠工，为古今经国之要政。自积习相沿，视工商为末务，国计民生日益贫弱，未始不因乎此。亟应变通尽利，加意讲求。前据政务处议复，载振奏请设商部，业经降旨允准。兹着派载振、袁世凯、伍廷芳先订商律，作为例则。俟商律编成奏定后，即行特简大员，开办商部。其应如何提倡工艺，鼓舞商情，一切事宜均着载振等悉心妥议，请旨施行。总期扫除官习，联络一气，不得有丝毫隔阂，致启弊端。保护维持，尤应不遗余力。庶几商务振兴，蒸蒸日上，阜民财而培邦本，有厚望焉。钦此。
是年十月，京师特设练兵处。又奉谕云：
前因各直省军制、操法、器械，未能一律，迭经降旨饬各督抚认真讲求训练，以期画一。乃历时既久，尚少成效。必须于京师特设总汇之处，随时考查督练，以期整齐而重戎政。着派庆亲王奕劻总理练兵事务，袁世凯近在北洋，着派充会办练兵大臣，并着铁良襄同办理。该王大臣等受恩深重，务当任劳任怨，认真筹办，以副朝廷力图自强之至意。其应办事宜，着该王大臣等随时妥议具奏。钦此。
以上所记袁世凯叠荷恩施，专差兼责，万绪千头，知遇若此，又不得不为袁幸也。