此时，太常寺少卿王家璧上奏，直接指出总督马新贻被刺与江苏巡抚丁日昌有关，说：“江苏巡抚丁日昌之子被案，应归马新贻查办，请托不行，致有此变。”还说，“闻此言者非臣一人，臣所闻者亦非一人所言，其言时皆相顾叹息，及向根询，则皆畏累不敢尽言。臣思陕西僻在西隅已有所闻，江南必有确实公论，属吏或难兼采，京师相距较近，亦必有所传闻。”连京官都这么说，可见“督抚不和”的传言流传很广，绝非一日之功。
丁日昌在马新贻遇刺前离开十分可疑。王家璧为此再次上奏说：“此其尤著者，丁日昌本系矫饰倾险小人，江南大小官员甚多，此事不疑他人，而独指该抚之子，难保尽出无因。或其子妄为而该抚不知，抑或与知而乘其驶赴天津，可以使人不疑，均难悬揣。”一针见血地指出丁日昌赶赴天津是有意要避开嫌疑。
尽管丁日昌有种种证据，可以证实他确实因公事才离开两江，并非刻意制造不在刺杀马新贻现场的证明，但朝野上下沸沸扬扬，将怀疑的目光投向丁日昌的大有人在。流言蜚语满天飞，丁日昌有一百张嘴也说不清。尤其是他到达天津后，奴相毕露，更加明目张胆地卖国求荣，比曾国藩有过之而无不及，以致被人称为“丁鬼子”。天津人还四处张贴告示，揭露他在江苏巡抚位上种种贪污丑行。
丁日昌看到时论的发展对他极为不利，急忙离开天津，火速赶回苏州。回去后也是如坐针毡，见到曾国藩始终在京城磨磨蹭蹭不起程，实在按捺不住，上奏请求朝廷敦促两江总督曾国藩尽快到任。
丁日昌是湘军一系的人物，曾是曾国藩的幕府和亲信，他上奏的本意，自然是希望曾国藩来江宁主持刺马案，局面会对自己更加有利。不过这道奏折倒也十分合慈禧太后的心意，立即下旨督促曾国藩起程赴任。
就在丁日昌日夜忧叹的时候，其母突然去世，他需回广东老家丁母忧。朝廷下谕旨免去丁日昌江苏巡抚之职，调漕运总督张之万任江苏巡抚。此时，曾国藩正在回任两江总督的路上。
这一版本除了丁日昌是否刺马主谋尚待商榷外，其他均为真事，顺理成章，是唯一得到了朝廷官方讨论的说法，看起来较为可信。尤其曾国藩先是推辞两江总督之位，不愿接手，之后又有意拖延，迟迟不到江宁，态度之暧昧，实在令人起疑。由此一来，“督抚不和”的故事更加蒙上了重重迷雾。
又有传闻说，在马新贻被刺前几天，江宁府衙门接到一封标明“紧急”、“机密”的公事。封套上还盖着大印，不过印文模糊，看不出来是哪个衙门所发。把门差役接到公事后，不敢怠慢，即刻送交外署的门房。门上接收后先登记在册，再送进位于内署的签押房——这里是马新贻日常办公的处所。马新贻打开公事一看，里面是一张纸，上面别无一字，只画了一匹死马。他醒悟过来后，立即派人赶出去追捕投送公事的人，但来人却已经不知去向。
日复一日，刺马案的头绪也越来越多，盘根错节，牵涉太广。仅以上五种传闻，就牵扯上了回王、湘军、天地会、洋教士、陈国瑞、醇亲王以及丁日昌。
从曾国藩的角度看来，五种版本中，“渔色负友”说和“私通回匪”说如果是真的，将有损马新贻声誉，朝廷和马家人都不会满意，因此无须追查；如果是假的，当然更加不必追查。“为天地会复仇”说牵扯到了湘军，他也绝对不会追查。“洋教”说牵扯到洋教士和醇亲王，情节更是复杂，讳莫如深；他曾国藩一生就败在教案上，沾了洋字的他都要退避三舍；醇亲王不仅是皇叔，还是慈禧太后的妹夫，当然更加动不得。至于“督抚不和”说就更加微妙了，如果丁日昌是刺马主谋，那丁日昌为什么要在刺马前一天赶到天津？他曾国藩不是有极重的同谋嫌疑么？所以，此说是最不能追查的。
而案子拖延不结，只会招致更多传闻物议。思来想去，曾国藩觉得还是之前张之万和魁玉的奏结最为妥当。在经过深思熟虑后，他决定不再追查，仍照张之万、魁玉奏报所拟罪名，比照谋反叛逆上奏。
柒、结案
关于刺马一案，张之万、魁玉、曾国藩、郑敦谨四位大员反复公开强调说：“毫无确供。”既然没有准确的口供，为什么明知不应为而为之，一定要用一篇漏洞百出的口供给张文祥定罪呢？
之前慈禧太后对张之万和魁玉的奏结大加训斥，十分不满，等看到曾国藩几乎相同的奏结后，她终于明白了，刺马案不可能再弄清了，这口气必须得咽下去。她将不得不接受这一事实，以及稀里糊涂的审案结果。在慈禧太后的首肯下，朝廷终于发出了谕旨，正式肯定曾国藩、郑敦谨的奏结，以“张文祥潜通海盗图谋报复”定案。这份漏洞百出的奏结最终成为官方认可的定谳，现存于台北故宫博物院。
同治十年（1871）二月十五日，曾国藩奉旨监斩，在江宁小营刑场将张文祥凌迟处死，并摘心致祭。马新贻四弟马新祐为了增加张文祥的痛苦，特命刽子手用钩子钩肉，钩一下割一下，从上午九点到下午四点才割完。在残酷的处刑过程中，张文祥始终未出一言，视死如归，颇有英雄气概。他的名字却在史籍中被刻意改为“张汶祥”，“文”字加水，表示其江洋大盗的身份，有蔑视他的意思。
受到牵连的还有不少人。张文祥的儿子张长福时年十二岁，也受到牵连，被阉割后发往新疆为奴。其女张宝珍、张秀珍因许嫁已定，并不知情，各归本夫。督标中军副将喻吉三因疏于防护，被革去提督衔，降二级调用。把总唐得金等人均因失职罪名被斥革。
马新贻被运回山东菏泽老家安葬。对于他的身后事，朝廷也极尽隆重之能事——同治皇帝亲赐祭文、碑文；谥“端敏”；恩加太子太保，入贤良祠，以总督阵亡例议恤；在江宁、安庆、杭州、海塘、菏泽等地为其建造专祠，春秋官为之致祭。其子马毓桢加恩赏给主事，分刑部学习行走。如此生荣死哀，实为晚清督抚中前所未有的待遇。但无论如何，随着马毓桢扶柩离开，马氏在两江再没有任何势力。
随后，曾国藩具折奏请为已故督臣马新贻于本籍建祠，奏折中称赞马新贻“家世谨厚，矜式乡闾。生平践履笃实，亦自卓然可传”。曾国藩为人谨慎，从不轻易褒贬人，对一个从来就没喜欢过的人，突然出这番赞语，实在叫人起疑。因为他和他的湘军是刺马案中唯一的受益者，因此也一度被怀疑是刺杀马新贻的主谋。
空前绝后、轰动一时的刺马案以张文祥一人之死落下了帷幕，但流言反而愈演愈烈。朝野议论纷纷，均说刺马一案必定别有隐情，不能公宣于众。从始至终参加会审的孙衣言为马新贻写了一篇神道碑铭，里面写道：“贼悍且狡，非酷刑不能得实。而叛逆遗孽，刺杀我大臣，非律所有，宜以经断，用重典，使天下有所畏惧。而狱已具且结，衣言遂不书诺。呜呼！衣言之所以奋其愚憨为公力争，亦岂独为公一人也哉！”公然指责结案太过草率，背后隐情尚未查清。
孙衣言碑铭一出，舆论大哗。然而，即使是慈禧太后，此刻也无力回天。审案已经长达八个月之久，前后介入审讯的官员多达五十余位，依旧是最初模棱两可的结果，再追查下去，局面实在难以预料。只有息事宁人，才是最好的选择。
最令人玩味的是刑部尚书郑敦谨的行为。他在张文祥未明正典刑之前，已经决意离开江宁，明显表示出对定谳结果的不满。曾国藩赠送他二百两白银作为路费，以曾之为人，这已经是很慷慨了，还特意声明这银子出自廉薪。不料郑敦谨一点都不念旧情，分文不取，银子全部退回。倒是随行的两名郎中伊勒通阿、颜士璋每人各自收了一百两银子。郑敦谨离开江宁之时，曾国藩率众地方官员到江边相送。从来喜怒不形于色的郑敦谨一改常态，愤然登船，头也不回地扬帆而去，只留给江宁人一个萧然而苍凉的背影。
离开江宁后，郑敦谨的心绪并非就此平复下来，心头百般复杂滋味，又是痛心，又是惭愧，又是不甘。他到达清江浦后，会见了新任漕运总督张兆栋，便刻意停留了几日。不久，张文祥被凌迟处死的消息传来。郑敦谨勃然变色，声称自己得了重病，要立即回老家长沙去养病，不能回京，只打发两名郎中代他回京交旨，并代他辞官。
郑敦谨是以钦差大臣的身份出京，按照清制，不回京师交旨要重重治罪。两名郎中极力劝阻，却丝毫不得要领。追问郑敦谨辞官的原因，他只答了八个字：“外惭清议，内疚神明。”这句话，正是当日曾国藩处理天津教案不当、招致朝野唾骂之时有感而发的话。
当日，郑敦谨不计后果，坚持坐船回了长沙。他本是带着雄心壮志和朝野上下的殷殷期望而来，然而形势始终比人强，尽管他有“铁面无私”的美誉，却最终不得不无奈地屈服在形势下，唯一能做到的，便是满腔愤懑地离去。郑敦谨历有名绩，《清史稿》对此评论说：“江宁之狱，论者多谓未尽得其情，敦谨未复命，遽解官以去，其亦有所未慊于衷欤？”（《清史稿卷四百二十一》）
慈禧太后知道郑敦谨离开后一度十分恼怒，自己派出去的人，只有去的，没有回来的，马新贻是一个，郑敦谨又是一个，这还像什么话。还是恭亲王奕?代为圆场，慈禧太后这才没有追究郑敦谨的责任。此后，郑敦谨始终不再出仕为官，孤灯衾影中，只剩下绵绵不尽的自惭与叹息，直至最后终老于乡里。
郑敦谨的两个随员回到北京后，结局也令人困惑。满郎中伊勒通阿奉旨回乡，“给全俸”颐养余年；汉郎中颜士璋则被外放到兰州做替补知府，不久即回籍赋闲。
颜士璋回到老家后，写了一本《南行日记》，记述了跟随郑敦谨赴江宁审案的全部过程。他的曾孙颜牧皋曾经看过这本日记，说其中白纸黑字地写着：“刺马案与湘军有关……刺马案背后有大人物主使。”
当时也有不少人认为刺马案肯定与湘军有关。曾任江苏巡抚、湖广总督的郭柏荫对孙子郭公铎说：“张文祥行刺有幕后怂恿者，应是这一类人物，最初有意制造流言的，也是他们。”二话如出一辙——马新贻表面死于流浪汉张文祥之手，其实是死于湘军之嚣张气势。
对于马新贻被刺的原因，李鸿章曾感叹说：“若七年秋不妄更动（指同治七年马新贻上任两江总督一事），或谷山（马新贻字）僻在海滨（马新贻原任闽浙总督），竟免斯厄。每读负乘致寇之语，不禁瞿然。江介伏莽最多，非极威重，不足销无形之隐匿也。”（《李文忠公全书》）大概的意思是说，马新贻接了本不该属于他的两江总督位置，这就是他必须死的原因。可谓一语道破了天机。
而一度被怀疑是刺马案最大主谋的曾国藩则稳坐两江总督宝座，直到两年后死去。两江总督宝座从此长期掌握在湘军一系手中，其他人丝毫不敢染指问津。尽管曾国藩及其继任者最终并未割据分权，但“重地方、轻中央”政治局面的形成已经不可避免。
自太平天国兴起，朝政大权逐渐落入汉人重臣之手，清廷的权威极大地被弱化。能令这些汉族重臣在朝中立身保命的并非所谓的盖世奇功，而是其手中直接或间接掌控的庞大的地方军事力量，曾国藩如此，李鸿章也是如此。湘军和淮军的出现确实挽救了岌岌可危的清王朝，令其统治多苟延残喘了几十年，但湘军、淮军首脑人物也借此进入了中央要津，开始左右政局，由此开近、现代军阀割据的源头。直到民国初，割据中国的军阀无不与湘军有着千丝万缕的渊源关系。
无论马新贻被刺案有何重大背景来历，案发后的审讯调查过程和结局却充分彰显了中央皇权日益衰弱、政令不及地方的无可奈何。从始至终，刺马案的本质不过是清朝中央集权和地方军事集团的较量，而最后还是以朝廷的公开退让而告终。
但慈禧太后也不是没有丝毫的报复行为。最初郑敦谨到达江宁主持审理刺马案，有人赶来暗示他，万一张文祥胡乱指认湘军将领该怎么处理，其中特别提到了长江水师提督黄翼升。黄翼升的水师军纪极坏，但有曾国藩的庇护，一直安然无事。曾国藩死在两江总督任上后，慈禧太后急不可待地拿黄翼升开刀。不过这次她学乖了，没有派出什么心腹股肱之臣，而是选派了另一湘军将领彭玉麟出马，以湘制湘。
彭玉麟幼年曾与亲戚之女梅姑有白头之约，但后来梅姑被父母逼迫另嫁他人，梅姑为此殉情而死。彭玉麟痛不欲生，此后虽然仕途显赫，但一有闲暇，便要画梅花。“无补时艰深愧我，一腔心事托梅花”。即使在戎马倥偬之时也是如此，表示无忘梅姑。这个习惯保持了一生，到死之时，他一共画了十万多幅梅花图。
彭玉麟为人颇有正义感。跟郑敦谨一样，有“铁面无私”之称。他奉旨巡视水师，发现长江水师确实问题严重，首当其冲的就是提督黄翼升。黄翼升自知曾国藩一死，靠山已倒，只好以伤病为名，主动上疏请求辞职。上谕不久即到，严厉斥责黄翼升，准其革职，黄翼升从此失意于官场。直到光绪十八年（1892），慈禧太后归政于光绪皇帝，黄翼升才由光绪重新起用为长江水师提督，不久便死于任上。此刻，清朝灭亡的脚步已经越来越近了。
捌、刺马大事记
同治七年
七月二十日，调两江总督曾国藩为直隶总督，闽浙总督马新贻为两江总督，以福州将军英桂为闽浙总督。
七月二十二日，以曾国藩调补直隶，长江水师系属初创，恐黄翼升一人不足资控制，著彭玉麟于百日后迅赴江、皖，会筹水师事宜。
八月初五，命马新贻充办理通商事务大臣，丁日昌帮同办理。
十二月二十三日，马新贻奏：苏省荒废田地，设法劝垦招领，请酌定年限宽免钱粮。著照所请，以各项情形不同分别年限，暂免钱粮，俾编民早得复业。
是日，马新贻又奏：现在应办最要者六条：培养民生以筹办善后，修筑运堤以宣防河务，清查官亏以讲求吏治，选择将才以整顿绿营，酌留水师以联络江防，恪守条约以办理洋务。谕令其实心实力为之，勿骛虚名，勿求速效。
同治八年
三月二十日，兵部议复曾国藩酌改江苏水师营制事宜，江苏水师改为内洋、外海、里河三支；江宁设立船厂，按年轮修战船，轮船应由上海船坞整理；水师专以管船为主，其无船之弁兵，一律裁撤。从之。
四月初七，以湘军兵变，刘松山未能预防，著革职留任。
四月十九，以陈湜留任山西防务，诏免发遣。
（七年春，犯畿辅。湜以疏防褫职，遣戍新疆，巡抚郑敦谨疏请留防。冬，陕回将乘隙渡河，屡击走之，诏免发遣。 ）
同治九年
五月二十三日，天津教案发生。
六月初十，曾国藩到达天津处理教案。
六月十四日，内阁大学士宋晋奏和局固宜保全，民心未可消失，欲惩擅杀之罪，必究起衅之根，请饬曾国藩速行查明曲直，秉公办理，以释民疑；以长江水师紧要，请饬整顿。从其所奏，命彭玉麟迅速启程，赴江南等省，会同马新贻实心整理长江水师，力除废弛。
六月二十六日，法国兵船进入天津海河。曾国藩闻讯呕吐大作，一病不起。
六月二十八日，以曾国藩病重，命江苏巡抚丁日昌赴津办理教案。因其路远，难以速至，又命工部尚书毛昶熙先赴天津。
是日，谕令李鸿章即带军赶赴京畿驻防。命马新贻迅速安排江苏、上海海口防范事宜。
七月二十四日，丁日昌抵达天津。
七月二十六日，马新贻遇刺，次日死。