十一月十二日，东厂太监陈矩将《续忧危竑议》一书进奏御览。万历皇帝勃然大怒，拍案而起，下令东厂、锦衣卫以及五城巡捕衙门严加搜捕，务得造书主谋。并责令妖书上落款的两名官员吏科都给事中项应祥和四川道御史乔应甲即刻回奏，说明事情缘由。第二次妖书案由此而起，京城的空气立刻紧张起来。
最惶惶不安的自然是揭帖最后真名实姓落款的两人项应祥和乔应甲。
项应祥字汝和，号东鳌，浙江遂昌人。万历八年进士。初任福建建阳知县，为官清正，力雪冤狱，建阳称颂“抱案吏从冰上立，诉冤人向镜中来”。后升任给事中，有“不畏强御”之名。其最著名之事，是上奏弹劾万历二十五年顺天府乡试副主考官焦竑。当年士子徐光启因受到焦竑赏识而以解元中举，但却被认为其文多险诞语，能高中顺天府第一，一定是背后有私下交易。由于项应祥的弹劾，焦竑被贬官，降为福州同知。
此人在朝中虽有正直之名，其家属在遂昌却是横行乡里的地方恶霸，拖欠官府钱粮不说，项应祥之子还一贯欺压百姓，奸淫民女，甚至强令佃户人家，凡子女婚事，他享有初夜权。历任官令对项家都不敢得罪，甚至趋炎附势，沆瀣一气。人们敢怒不敢言。万历二十一年，汤显祖调任遂昌知县，想了个巧妙的办法，趁项应祥告假返乡之际，在县衙设宴款待。席间，有人在衙门外击鼓鸣冤。汤显祖便邀项应祥共同升堂审案。告状的百姓涌进公堂，状纸写满项应祥之子的罪恶。项应祥目瞪口呆，不得已，同意汤显祖惩处这个不肖之子，但自此与汤显祖结怨。
万历二十六年，汤显祖赴北京上计。按照明代制度，地方官即外官，每三年由吏部和都察院进行一次考察。犯有贪、酷、浮躁、不及、老、病、罢、不谨的八等官员，将分别给以革职、闲住、致仕和降调的处分。项应祥官认吏科给事中，监察和弹劾正在其职权范围之内，趁机点评汤显祖“浮躁”。浙江按察使李维桢同汤显祖从未会面，却久闻其为官清廉，体恤民情，深得民心，为其慷慨申辩，差不多要声泪俱下，还是未能挽回局面。汤显祖落了个“罢职闲住”的处分。他气愤之下向吏部告长假回乡，从此致力于戏剧和文学创作活动，再没有出仕。汤显祖素来与东林党往来密切，因而清流派也不少人因此反感项应祥其人，东林党领袖邹元标有“天下之大，竟容不下一个汤显祖”之怨语。
乔应甲字汝俊，号儆我，山西临猗人。万历二十年成进士。初授湖北襄阳府推官，一年前才提升为四川道监察御史。他曾经到过淮扬，对漕运兼凤阳巡抚李三才行事作风极为不满，称其“性不能持廉”，并在木板上书写李三才之“五好十贪”，传之于衙门。因此与李三才交恶，也受到东林党人的嫌恶。
《续忧危竑议》落款为项应祥、乔应甲的名字，显然是有人刻意为之，背后有着说不清、道不明的恩恩怨怨。二人被一纸飞书推到了刀口上，慌忙进奏申辩，称“从来妖书毁谤别人，从无自我署名的道理”。万历皇帝倒也相信，没有下令将两人逮捕下狱之罪。
然而一书掀起千层浪，朝野震动，甚至搅翻了后宫。关于飞书作者的猜测不绝于耳。由于飞书落款项应祥、乔应甲均是与东林党有仇怨之人，有人说此书出自清流之手，目的是要倾覆东林党的死对手内阁首辅沈一贯，项应祥、乔应甲只是被顺带捎上。有人马上为东林党辩解，说沈一贯一直听命于郑贵妃，认定此书出自清流之手，是想诬陷清流领袖郭正域，因为郭正域人望所归，正见忌于沈一贯，这是一个阴谋。
一些关于首辅沈一贯的内幕也逐渐被发掘出来。有流言说，两年前沈一贯上书请立太子，其实是要为郑贵妃做说项，请立郑贵妃之子朱常洵为太子。之所以没有在奏疏中指名道姓，是因为废长立幼于礼不合，他不敢冒受清议指责的危险。哪知道皇帝被打动了不说，还误解了首辅的意思，决意立长子朱常洛为太子。后来万历皇帝被郑贵妃的眼泪动摇，派人通知内阁改期立太子。表面是沈一贯不同意皇帝改期，其实是内阁大学士沈鲤力争的结果。沈鲤道：“天下人都已经知道是沈端公促使皇上立长子为太子，如果再不坚持，端公岂不成了首鼠两端之人？”沈一贯不得已，这才当场封还了诏书。皇长子朱常洛终于得立为太子，历时十六年的国本之争终于结束。
显然，《续忧危竑议》的中心议题还是国本之争。那么，这封搅得京师鸡犬不宁的飞书到底是出自反郑朝臣之手，还是郑贵妃指使心腹党羽所为呢？到底是有意构陷，还是要反倾害？这无疑是时下最大的热点谜题。
飞书中所提及的除了化名“郑福成”外，其余人物均是朝中大臣，争相上书自辩。
朱赓道：“臣居卿立朝，斤斤自守，未尝树恩，亦未尝树怨，应无切齿于臣者，不知何故召此奇祸，因请避位。”自称已是七十衰病之人，地位又在沈一贯和沈鲤二人之下，没有任何希觊之心，做书者是神谋鬼术，声东击西，借此攻彼。
内阁首辅沈一贯也引咎自陈，道：“此书混淆皇上庭闱宫禁之情，离间皇上父子骨肉之爱，掩抑皇贵妃赞成之盛德，点染福王孝弟之令名，诬陷大小臣工，坐以翻天覆地之罪，臣与斯人非有不共戴天之誓，何为至此！”又表示愿意与作书者当面对质，以示内心无愧。
余人如司礼太监陈矩、京营巡捕都督陈汝忠、锦衣卫千户王名世等均先后具疏。万历皇帝遂好言安慰道：“朕尚被妖书诬枉，何况你们呢？”
二十年上朝的万历皇帝震怒了！他一改浑浑噩噩的状态，不断召见廷臣，同时严令东厂、锦衣卫访拿主谋，务在刻期查获，不准怠缓姑息。又下令九卿科道等官将案情进展情况及时会同上奏，并限兵部一个月之内必须侦破此案。
在如此急迫的诏令下，京城内外，差役四布，侦校塞路。京营派重兵守卫各个城门，对进出人士严格盘问搜查。凡是散住在京城内的山人、游客、术士、僧道、罢闲官吏等，都被立即驱逐，逗留者缉拿究问。凡在京城搭设茶房，在街巷坐地叫卖者，都被禁止。同时禁止地方白莲教、无为教活动，不准善男信女聚众拥入寺观，拜佛进香。
一时间，讹言四起，人人危惧。市井街坊上最热闹的酒肆、饭店等处门可罗雀，再无人敢到公开场所畅谈酌饮。以往欢声笑语的八大胡同也变得冷冷清清。人心也仿佛这严冬一样，进入了死气沉沉的休眠状态，没有了生气的北京愈发变得萧索起来。
皇帝如此雷厉风行，摆出一副不找出妖书主谋誓不罢休的姿态，不仅名列书中的大臣惊恐万状，其他无干的人士也不免惴惴不安。
有风吹，便会有草动。妖书案席卷全城，意味着必然有人会因此遭殃，也必然会有人因此得赏。为鼓励尽快破案，皇帝明张榜文，悬赏五千两银子和三品锦衣卫指挥佥事官阶捕缉妖书主犯。于是，纷纷有人主动站出来检举揭发：
锦衣卫主要官员王之桢、郑国泰、王名世、王承恩四人均在《续忧危竑议》上挂名，被郑福成指斥是郑贵妃的十党之一，四人联名上书，称妖书是北镇抚司镇抚周嘉庆有意为之。理由是，锦衣卫五大要员中有四人上了妖书，只有周嘉庆一人不在其中，分明是周嘉庆想要陷害同僚，独掌锦衣卫大权。周嘉庆于是被逮捕下狱，下到东厂审问，备受拷掠。
之前周嘉庆掌管北镇抚司，拷问过无数犯人，现下酷刑都一一轮回他自己身上，可谓绝妙的讽刺。他的全家都受到牵连，遭受严刑拷打。周嘉庆死也不承认跟妖书有关。他岳父是吏部尚书李戴，参与堂审，亲眼见到女婿被拷打得体无完肤，不忍目睹，起身离开大堂。万历皇帝听说后，次日就下诏罢免了李戴官职，令其致仕回乡。
又有同知胡化告发妖书出教官阮明卿之手。胡化和阮明卿都因此被逮捕，受到严刑拷问。
不久，即查明这两起告发纯属诬告。妖书案真相未明，反而成了廷臣之间互相倾轧、发泄宿怨、打击异己的借口。朝堂之上乌烟瘴气，案情愈发扑朔迷离。
一时间，京城的大小官吏都不同程度地卷进了这个涉及国本和未来皇帝的巨大漩涡之中，互有猜疑。不少人因此被错捕、错杀，到处冤疑横生，诛连无辜。就连京营武官杨于世执着吏部尚书李戴手书及公札前往辽东执行公事，也被辽东税监高淮当成妖书嫌疑人犯，在山海关附近将其逮捕，解送回京请功。
即使是位高权重的宰辅大臣也不能置身事外。在《续忧危竑议》一书中，作者指名道姓地攻击了内阁首辅沈一贯和大学士朱赓，说二人是郑贵妃的帮凶。两位阁老自然大惊失色，除了上疏为自己辩护外，为了避嫌，不得不待罪在家。
沈一贯在位已久，老谋深算，决意学习宁远伯李成梁东山再起的法子，尽量将所有人一锅端掉，好为他自己化被动为主动。他指使心腹党羽刑科给事中钱梦皋上疏，称礼部右侍郎郭正域和另外一名内阁大学士沈鲤与妖书案有关。
之所以要攀牵沈鲤，除了因为沈鲤与沈一贯一直不和外，还因为当时内阁只有三人——首辅沈一贯、次辅朱赓，以及沈鲤。沈一贯和朱赓均被“妖书”点名，只有沈鲤一个人榜上无名，独自主持内阁工作，成为实际上的内阁首辅，理所当然地该被怀疑。
而妖书出现当日，沈鲤正好因事请假不在内阁。后来得知消息后，也不赞成万历皇帝穷究极治，大肆搜索京城。
而牵扯郭正域，原因则更为复杂。一是因为他是东林党人，俨然以东林党在朝领袖自居，在楚王华奎与宗人华越纠纷案上与内阁首辅沈一贯意见不合，沈一贯恨其入骨，早有心排挤出朝；二是同知胡化告发妖书出教官阮明卿之手，而阮明卿正是给事中钱梦皋的女婿。为了替女婿脱罪，钱梦皋必需要立即找到替罪羊。郭正域不但是沈鲤的门生，而且是胡化的同乡，加上当时已经被罢官，即将离开京师，很有写妖书“发泄私愤”的“嫌疑”。
不仅如此，沈鲤和郭正域二人同第一次妖书案均有关联，尤其是郭正域，关联极其重大。万历二十六年，刑部侍郎吕坤上《忧危疏》，论天下安危，抨击时弊。吏科给事中戴士衡弹劾吕坤暗中逢迎郑贵妃。不久又有自称“燕山朱东吉”的人写了飞书《忧危竑议》私处散播，即最早的“妖书”，内容跟而今的《续忧危竑议》大同小异，无非是指责郑贵妃阴谋为儿子谋夺太子之位，吕坤等人是其同党。卷入风口浪尖的吕坤是隆庆五年进士，当年的主考官是张居正，分房考官为沈鲤，也就是说，沈鲤是对吕坤有知遇之恩的座师。而万历二十六年妖书案后，时任翰林院编修的郭正域亦上书弹劾吕坤，直接导致吕坤罢职去位，从此再没有返回官场。当年的妖书案亦是轰动一时，最后万历皇帝认定是妖书作者是吏科给事中戴士衡和全椒知县樊玉衡，二人均被罢官贬谪。但时人均怀疑燕山朱东吉其实另有其人。
尽管沈一贯和钱梦皋联合起来告发沈鲤和郭正域不过是出于私利挟嫌报复，想要一滩浊水搅得更浑，并没有任何真凭实据，但却由此引发了一场大狱。
钱梦皋上书称妖书出自前礼部侍郎郭正域之手，沈鲤为其同谋，又弹劾沈鲤道：“妖书始发，举朝以为大变，独彼以为小事。举朝以为当捕，独彼以为当容。”并在奏疏中公然强逼二人自裁。
万历皇帝接到钱梦皋奏疏后，在身旁内侍的提醒下，想起来第一次妖书案中郭正域的种种可疑：他曾声色俱厉地弹劾吕坤，认为吕坤才是妖书案的源头，是真正的罪魁祸首。当时还没有正式立皇太子，弹劾吕坤无非是指责其暗结宫闱、党附郑贵妃，等于也是变相指责郑贵妃图谋夺位。而那妖书分明是有人故意制造声势，即使不能引得朝野上下声讨郑贵妃，也用事实指出了太子不立、国本难安、谣言不止的隐患。三年后，万历被迫立长子为太子，跟那件事的警示也颇为干系。
而今故伎再次重演，两篇妖书的意义一模一样，一定是反对立福王为太子的朝臣所作。郭正域素来是反对郑贵妃的，早在第一次妖书案时就已经表明了立场，后来又担任东宫讲官，与太子朱常洛有师生情谊，交情深厚。而今他正好罢官去职，完全可能是挟怨而作。
将前后两次妖书安联系起来后，万历皇帝认定前礼部侍郎郭正域确实嫌疑重大。正好巡城御史康丕扬上书指出“妖书”和“伪楚王”两案同源，愈发加重了郭正域的嫌疑。万历皇帝立即下诏，命郭正域暂停返乡，停驻原地待查。又预备罢免沈鲤内阁大学士一职，还是司礼监陈矩认为阁臣位比宰相，是国之名器，不可因为捕风捉影的传闻便轻易更易，从旁劝解，万历这才作罢。
而此时郭正域已率一家老小十五人乘船离开京城，由于天寒地冻，冷河面结冰，船只无法行进，不得不停靠在潞河杨村一带，等待冰化后再渡河。
自礼部尚书冯琦病故后，郭正域一直礼部侍郎身份代理礼部尚书一职，博通载籍，勇于任事，有经济大略，颇孚人望。然而掌管礼部不久，便遇到极为棘手的伪楚王案。
当时有楚王宗人、辅国中尉朱华趆向朝廷告发第九代楚王朱华奎及其弟弟宣化王朱华壁不是楚恭王朱英？的亲生儿子，朱华奎是恭王妃王氏兄长王如言之子，而朱华壁是王如言家人王玉的儿子。奏疏送到北京后，首辅沈一贯因与朱华奎友好，于是授意通政司暂将奏疏压下不表。朱华趆不服，亲自到京师告状。皇室事务素来由礼部主持，礼部侍郎郭正域主张调查。首辅沈一贯反对无效，最后由巡抚和巡按御史会同勘问。但由于事关皇室，察无实证，事情无果而终。
沈一贯自此深恨郭正域，处处刁难不说，曾指使给事中钱梦皋劾奏郭氏“陷害宗藩”，声称郭正域是楚人，因其父曾被楚王侮辱，故有后报。郭正域陷入官场纷争，见再也难以有所作为，遂愤而辞官。妖书案发之日，正好是他离开京师之时。巡城御史康丕扬称“妖书”和“伪楚王”两案同源，实际上就是指两起案子主谋都是郭正域。
郭正域的船只刚出北京，便不断有同僚、游人赶来追访。他已经从众人口中大致得知京师局势，却从未料到事情转瞬间就牵连到自己身上，他本人居然被认定是妖书作者郑福成。船只刚刚停靠在杨村一带，妖书上被点名的巡捕都督陈汝忠便派遣大批巡捕人役将船只团团围住，逮捕郭氏随行人员十五人，就地在杨村设公堂，施用鞭、打、吊、跪等各种酷刑逼供，并胁迫郭正域自尽。
郭正域毫无惧色，理直气壮地怒斥道：“大臣有罪，当伏尸都市，安能自屏野外？”又作诗表明心迹道，“浊酒一杯聊自寿，大家头上有青天。”
沈鲤被指为郭正域同党，住宅被五城兵马司兵马包围，也不断有人来威逼他自杀。沈鲤慨然道：“妖书果自我造，我当死于西市，决不自尽。”还是万历皇帝听说后亲自干涉，沈一贯才不得不撤去包围沈宅的兵马。
由于没有确凿证据，难以对郭正域、沈鲤定罪，沈一贯便想利用假证人来坐实，逼迫之前诬陷钱梦皋女婿阮明卿的同知胡化承认郭正域是妖书的主谋。胡化却深知其中厉害，不肯附和，实话道：“我诬讦阮明卿，是因为他是我的世仇。郭正域是我的同乡没错，我们原先也认识，但自他举进士以来，我们已经有二十年不通问，何由同作妖书？”
胡化这条路走不通，沈一贯便想从郭正域身边人下手，派巡城御史康丕扬逮捕了与郭正域交好的游医沈令誉、琴士钟澄等人。万历皇帝久在深宫，本就多猜忌之心，平常与臣下接触总是疑神疑鬼，听说郭正域与民间众多知名人士交游密切后，心中更是怀疑郭正域心怀异谋，包藏祸心。沈一贯又趁机入呈搜索沈令誉寓所时得到的名僧紫柏的手书。
紫柏一直在京师交结王侯，以实现他“矿税不止，则我救世一大负”的誓言。虽然他是得道高僧，声满天下，贵人无不折节推重，但他常常对那些为逢迎皇帝而姑息税监的士大夫箕踞谩骂，由此得罪了许多权贵。早在一年前，御史康丕扬就上疏弹劾紫柏整日“恋恋长安，与缙绅为伍。工于宠术，动作大气魄，以动士大夫”，要求将紫柏如李贽一般下狱论罪。万历皇帝得疏后，考虑到母亲李太后一向敬重紫柏，因而留中不报。但这次沈一贯呈上的紫柏给沈令誉的私人书信，内中写道：“慈圣太后欲建招提见处，而主上靳不与，安得云孝？”言下之意，是暗示皇帝与慈圣太后不睦。万历皇帝读到后勃然大怒。国君偏执，宰辅怀私，狱事遂不可解。
数日后，紫柏在锦衣卫诏狱接连受酷刑拷打而死。临死前说偈云：“一笑由来别有因，那知大块不容尘。从兹收拾娘生足，铁橛花开不待春。”
游医沈令誉也受到了严刑拷打，强迫他指认妖书为郭正域所为。沈令誉据理力辩，坚决不招供。
为了让沈令誉尽快服罪，事先做了不少布置。当东厂、锦衣卫和刑部、都察院、大理寺三法司会审时，沈令誉奶妈龚氏的女儿被叫到大堂作证。那女孩儿才只有十岁，也不害怕，只睁着大大的眼睛，好奇地打量公堂上的一切。
主审刑部尚书萧大亨问道：“妖书是不是在沈家印的？”女孩儿不懂事，按照事先大人们教的话答道：“是。”
萧大亨又指着一旁跪着的沈令誉问道：“是不是这个人印的。”女孩儿道：“是。”
萧大亨便一拍惊堂木，喝问道：“犯人沈令誉，铁证如山，你还不承认是你印制妖书的么？快说，写妖书的人是谁？是不是郭正域？”沈令誉道：“我根本不知道妖书之事，也从不知道郭公正域跟这有什么关系。你们弄个小孩子来作伪证，这不是天大的笑话吗？”
萧大亨见他语气不恭，便喊人用刑。司礼太监兼东厂提督陈矩叫道：“等一等。我还有句话问证人。”转头问那小女孩道，“你说你亲眼看到了沈令誉印妖书，那么印刷妖书的印版有几块？”那小女孩毫不知情，便信口胡说道：“满满一屋子。”
陈矩听了忍不住当堂大笑起来。《续忧危竑议》只有短短三百来字，顶多也就是几张纸，哪来的一屋子印版？沈令誉的冤屈显而易见，由此对郭正域和沈鲤的诬陷自然也不能成立。
沈一贯利用职权，暗设机谋，加害与自己不和的朝臣，引来诸多不满。当日，翰林院编修唐文献偕众翰林院同僚杨道宾、周如砥等人前去拜见沈一贯。唐文献字文征，号抑所，万历十四年状元。为人清劲，素以名节自励，多次救人于危难之中。他与郭正域非但从无私交，而且二人同为太子教官时，从来不曾相交一言，此次挺身而出，全然是仗义救人。
见到沈一贯后，唐文献正色厉言，责以大义，表示愿意弃官与郭正域同死。其他翰林学士也纷纷道：“外面传闻，郭公正域势将不免，其实是沈端公有意要杀他。”沈一贯难堪之极，急忙对天发誓绝不是自己要杀郭正域。
唐文献这才道：“我们也知道端公无意杀人，第台省承风下石，若端公不早讫此狱，何辞以谢天下。”沈一贯喏喏相应，敛容谢之。