翰林学士陶望龄也赶去找内阁大学士朱赓，正色责以大义，指责其人贪恋权位，对同僚坐视不救，表示愿意弃官与郭正域同死。
翰林学士们如此一番闹腾，不免令沈一贯免心中有所忌惮——他可以陷害沈鲤，可以除掉郭正域，一点也不会手软，毫不犹豫。但他不可能与全体翰林学士为敌。一旦被这些人群起围攻、口诛笔伐起来，他除了辞官回乡，再没有别的出路了。
另两个人物的拜访更是令他开始害怕起来。傍晚时，司礼太监兼东厂提督陈矩带着一名太监到访。陈矩径直道：“这位公公是太子的心腹王安王公公。”
沈一贯“啊”了一声，忙请二人落座。王安客气地道：“阁老公务繁忙，坐就不必了。今日太子殿下问了我一个问题，我实在不能回答，所以特地来请教首辅。”
沈一贯道：“公公有话尽管问。”王安道：“太子今日问我，何为欲杀我好讲官？”
“好讲官”自然就是指郭正域。皇太子朱常洛正式出阁讲学时，第一任讲官中就有郭正域。当时正值严冬，大风凛冽，朱常洛冻得瑟瑟发抖。因为他不得皇帝喜欢，太监们也都轻视冷遇他，不为他生火御寒，只自己围坐在侧室火炉旁烤火。郭正域见状大叫道：“天寒如此，皇长子系宗庙神人之子，玉体固当万分珍重，即讲官参列禁近，若中寒得病，岂成礼统，宜速取火御寒。”命令随侍班役为皇太子取火御寒。太监们这才磨磨蹭蹭把火炉拿出来，事后还赶去向万历皇帝告郭正域的状，说他在宫中高声呼喝，极其无礼。万历皇帝不关心太子，也不关心有没有关心太子，置之不问。朱常洛却因此极感激郭正域之刚直，私下多有赏赐。郭正域一律不受，人品愈发得到皇太子敬重。
“何为欲杀我好讲官？”这话相当有深意，而且是从当今皇太子、未来皇帝的口中问出来，沈一贯闻之惊恐色变，不能回答。
陈矩道：“太子殿下也派王安公公带了话给我，要我对郭公正域手下留情。其实太子还不知道，这件案子的决策权在阁老而不在我。沈阁老，你担任首辅也不是一天两天，应该知道即使太子地位不稳，但他毕竟还是大明朝的太子。开罪了太子倒也不要紧，沈阁老难道忘记沈鲤沈阁老也是当今皇上的讲官了么？这可是皇上父子敬爱的两位讲官啊。”
他是宦官，声调有些尖锐，语气还算平和，但这番话中暗藏不少机锋。不等听完，沈一贯已是汗如雨下，连声应道：“我知道，我知道。请陈厂公和王公公转告皇上和太子，一贯一定督令法司秉公审案，绝不会冤枉好人。”陈矩这才笑道：“有阁老这句话，太子就该放心了。”
就在陈矩和王安二人离开后，巡捕都督陈汝忠赶来报告一项重大发现：在杨村逮捕的郭正域的十五名随从中，有十三人是郭氏的仆人使女，还有一人是江夏百姓王忠，另一人则是被官府通缉、逃亡已久的毛尚文，也就是中书舍人赵士桢的前管家。
当日赵士桢出城送老友李植离京，家中只有工匠赵士元和管家毛尚文。不久四名女真人假扮强盗闯进门，杀死赵士元，砍伤路过的傅春，当场夺走火器图。当晚火器图即被人主动归还给沈德符，事情意外得以解决。赵士桢心痛合作工匠赵士元被杀，力主追究幕后主使，但兵部却将其压了下来，内阁也搁置不问。此案就此不了了之。
后来，锦衣卫千户王名世无意中发现此案不是那么简单，内中有一处重大疑点——他阅读工匠赵士元的验尸文书时，发现他是胸口中刀，刃伤宽仅一寸，推断起来，凶器应该是一柄匕首。然而根据傅春等证人描述，四名强盗破门而入时，手中均握着单刀，逼住了三人。毛尚文答应交出火器图，赵士元却当场用火器打死其中一人，不容他再次装填火药，便有强盗赶上来将他杀机。试想当时情形危急，可以说是千钧一发、命悬一线的局面，在这种情况下，强盗怎么会弃长刀不用、改用短刃匕首杀人呢？
再联想到赵士桢带着仆从出门不久，就有强盗杀上门来，目标火器图又凑巧留在了赵府内，机会、时间把握得恰到好处。可时人都知道赵士桢生性警惕，对火器图珍若性命，时时带上在身上。怎么刚好将火器图留下府中后，就有强盗持刀上门抢夺呢？
事情绝对不会这么巧，最大的可能是有人故意通风报信。当时赵府中有三个人——傅春、赵士元、毛尚文——赵士元当场被杀；傅春只是去浙江会馆的途中路过赵府，后来又在争斗中受伤不轻；唯独毛尚文毫发无伤，自然嫌疑最大。
王名世发现这一疑点后，便去找当时人在现场的傅春确认。傅春很是惊讶，道：“毛管家竟然是强盗的内应？你这么一说，我倒是想起来了，强盗用刀逼住我们后，毛管家满口答应交出火器图，称要与赵工匠一起进屋取图。赵工匠取出火器瞄准射击时，毛管家大叫了一声，扶住了赵工匠。我当时以为他是要帮助赵工匠，现在想来，很可能他是要阻止赵工匠扣动扳机。”
鱼宝宝道：“这个毛尚文必定跟女真人是一伙的。他去扶赵工匠时，手里一定就握着匕首，趁乱一刀刺死了赵工匠。”
傅春道：“一名强盗的身子刚好遮住我的视线，我倒没有亲眼看见是杀死赵工匠。”仔细回想当日情形，还是觉得不能相信，道：“可如果真是这样，对方就有四个人，而我只有一个人，为什么毛管家还要向我打手势示意，一起对抗那三名强盗呢？”
沈德符道：“这个不难理解。毛尚文潜伏在赵世伯身边日子不短，一定是好不容易才赢得赵世伯的信任。赵世伯虽然官任中书舍人，却与兵部走得极近，也许毛尚文深谋远虑，不愿意就此放弃放手，日后还有重大图谋。”鱼宝宝道：“就是这样。还有一点，你小傅是真人不露相，毛尚文根本不知道你会武艺啊，他以为他的几个同伴足以制服你呢。”
诸人也只是推测毛尚文有嫌疑，并没有他杀死赵士元的实证。然而当王名世带人去赵府找毛尚文问话时，他却已经抢先逃走。如此，等于自证他就是那些强盗的内应。
赵士桢听说自己的管家是女真人奸细后，也是惊讶得合不拢嘴。好在他性格孤僻乖戾，一生只信任寥寥数人，除了李植、冯琦等同年及少数几位兵部武官外，完全相信的人就只有工匠元赵士，连自家妻儿都不让看火器图一眼，更不要说管家毛尚文和两名仆人了。随身亦带着一支特制的短手铳，可以近距离射击，用于防身，知情人都视其为怪物，离他远远的。这也多亏了赵士桢本人高度的警觉性，毛尚文潜伏在赵府近两年才未能靠偷偷摸摸得手，最终不得不召来同伙用武力获取。
因为涉及盗窃朝廷军事机密，毛尚文随即被兵部和刑部同时悬以重金通缉，京师大街小巷贴满他的络腮胡子画像，东厂、锦衣卫也派出不少得力人手四处搜捕，但却始终没有收获。
以厂卫罗网之严密，居然打探不到任何消息。鱼宝宝甚至怀疑毛尚文躲进了宁远伯李成梁府中。傅春道：“既然李家肯主动交出火器图，可见在这件事上还是有立场。毛尚文应该早知道之前的五名同伴都是李家人杀死，怎么还可能投奔宁远府。多半他知道身份暴露后，就立即逃出京师回东北去了。”
沈德符道：“兵部也发出了通缉告示，边关要隘都贴有他的画像，他不可能逃出山海关，终有一天会抓到他的。”毛尚文一案遂不了了之。
然而此次妖书案起，沈一贯用心险恶，想借机除掉郭正域和沈鲤，是以一接到钱梦皋奏疏，不等皇帝圣旨，便马上拟令会勘，派出巡捕都督陈汝忠逮捕与交好的友人，又派巡捕追出京师，将郭正域一行围困在杨村。巡捕们虽然不敢对如何，却将他手下侍从尽数逮捕，严刑拷问，强迫这些无辜的人指控郭正域。有仆人实在经受不住折磨，胡乱指认一名宾客有嫌疑。巡捕将那宾客从人群中带出来，觉得眉眼颇为熟悉，打量了半天，终于有人认出他是被兵部悬赏通缉的重犯毛尚文，不过剃掉了半脸虬髯，乍见之下难以认出来。巡捕登时如获至宝，立即将毛尚文五花大绑地押回京城，预备送去刑部请功。
巡捕都督陈汝忠得报后也是欣喜若狂，但却留了个心眼儿，没有立即将毛尚，而是先拘禁起来，自己飞奔赶来禀报首辅沈一贯。说完事情经过，喜滋滋地道：“郭正域不但散布妖书，还与外番贼人勾结，欲染指火器技术。这次有了铁证，他无论如何是逃不掉了。”出乎他意料的是，沈一贯并没有大喜过望，反而神色沮丧。
陈汝忠挠了挠头，纳罕问道：“沈公是担心毛尚文不肯牵连郭正域么？放心，即便刑罚不能令其招供，他是座上宾客，郭正域无论如何都难脱干系。”
沈一贯摇摇头，没好气地道：“说郭正域写作妖书尚且没有人相信，你说他通敌外番，会有人信么？”
陈汝忠是个粗旷的武官，没有文官那么多花花肠子，对此很是不解，道：“可我们的确是从郭正域船上抓到了通缉要犯毛尚文啊。这难道不是铁证么？”
沈一贯摇了摇头，无可奈何地道：“郭正域暂时动不得了。”
陈汝忠一时愣住，实在想不通情由，便问道：“那么毛尚文要怎么办？是交给兵部，还是交给刑部？”沈一贯道：“这个……容老夫想想。”
他心中也甚是苦恼。倒不是其它缘故，而是他早收到过风声，说觊觎赵氏火器、夺走火器图的就是女真人，而还回火器图的就是辽东总兵李成梁的儿子。那些女真人早就被李家家丁暗中杀了灭口。既然李家人只是悄悄处理这件事，不愿意将那几名女真人交给官府，可见李氏与女真暗中有不少见不得人的勾当，令他们不敢公然与女真撕破脸皮。这毛尚文既是女真人奸细，想必对李氏阴事了解不少，将他交给兵部，万一拷掠下他将所知道的一切说了出来，万一说出李成梁出重金贿赂过自己和另一名阁臣朱赓，为其回任辽东总兵出过力，那可不就是引火烧身了么？还是得学学李家人的老道，不能冒一丁点儿风险。
沈一贯心中盘算一番，这才慢条斯理地道：“毛尚文是通缉要犯，万一半途逃走，不是便宜了别人了么？这一阵子陈都督也辛苦了，毛尚文的人头应该还值几个钱，你先看看能不能从他嘴里问到些什么，然后就拿着他的尸首到兵部领赏吧。”
这话说得甚是清楚，陈汝忠这样的大老粗一听也就立即明白了，只觉得宰相心思高深莫测，也不敢多问，连连点头答应。又问道：“那么妖书案要怎么办？”沈一贯道：“我自有主张。”顿了顿，又恶狠狠地道，“不过围住杨村的人千万不能撤了，不死也要让他们一家脱层皮。”
由于风头突然转变，针对郭正域的审讯一连进行了五天，始终不能定案。万历皇帝震怒，下诏责问参与会审的官员。众官员惶惶不安。内阁大臣沈一贯、朱赓上书请求宽大对待疑案，沈鲤上疏引咎，请求辞职，万历皇帝均不答应，只措辞严厉地限期众人破案。
皇帝意志坚决，与以往的“老妈妈”形象判若两人。东厂、锦衣卫，包括兵部、京营巡捕压力都相当大，人人噤若寒蝉，苦不堪言。眼看限期一天天到来，众人愈发如热锅上的蚂蚁，都盼着这件案子能尽快了结。如此一来，找到一只名正言顺的替罪羊就成了迫在眉睫之事。
十一月二十一日，妖书出现后整整十日，事情突然有了重大转机。
当日傍晚，天光尚明，东厂办事旗校李继祖等人在东厂东面的金鱼胡同见到一名男子正站在一座旧宅门前，盯着大门发呆。由于妖书案牵动全城，又是寒冬季节，街上的行人极少。李继祖觉得那男子神色可疑，上前盘问时，那男子却转身就跑。东厂校尉们遂追上前去，将其逮捕，直接带来东厂官署审问。
东厂位于皇城东安门北的东厂胡同，在大众心中，简直比十八层地狱还要可怕。然而真正进来后，才发现这里建筑简朴，环境宁静，与东厂令人闻名色变的威名着实不相称。
那男子被进来小厅，由百户崔德审问，不等用刑，他便主动招供。原来这男子姓皦名生彩，本是来东厂告发其兄长皦生彩与妖书有关的，但到大门前又有所犹豫，回身走时，就撞上了李继祖一行。
崔德闻言大喜，问道：“你亲眼看到你兄长私刻妖书了么？”皦生彩道：“那倒没有。但小生读过妖书，撮帖里面的内容无论是语气还是措辞都跟我兄长的著书《岸游稿》极像。”
正说着，千户王名世进来，见校尉拿了皦生彩，很是吃惊，忙问道：“这人犯了什么事？”崔德不知道王名世认得皦生彩，忙下堂道：“禀报千户，此人名叫皦生彩，是来告发妖书主谋的。”
王名世更是骇异，道：“他告发妖书主谋？主谋是谁？”崔德道：“就是他的兄长皦生光。千户，你的名字列在妖书上，暂时不便出面，属下这就替你去逮皦生光审讯，也好早日还千户一个清白。”又命校尉将皦生彩当作关键证人收监。一想到举朝都在寻找妖书主谋，老天爷却让馅饼掉在了他头上，喜不自胜，竟有些感激起皦生彩来，特意叮嘱校尉道，“好好照看，别为难了他。”
等崔德出去，王名世叫住皦生彩，问道：“这到底是怎么回事？”皦生彩低声道：“千户放心，那件事……我决计不会说出来的，我晓得轻重。”有意咳嗽了声，擦身走了过去。
王名世急忙出来小厅，叫上院中的一名校尉。二人出来东厂官署，摸黑回来堂子胡同的藤花别馆。傅春和鱼宝宝正围坐在堂中火盆边，听见脚步声便赶来开门，将王名世和校尉迎进来。那校尉这才掀下斗篷，却是沈德符。
鱼宝宝急急问道：“事情办成了么？”沈德符道：“办成了。不过事情又出了意外，皦生彩陷在东厂了。”
原来当日傅春在天桥古董铺得到提示，想出一个偷梁换柱的法子——即照着东厂校尉的牌子再刻一块假牙牌，编号为八十八，制造年份则刻成己丑年，也就是万历十七年，跟当日从冯府刺客身上搜到的赝品一模一样。再由王名世想办法，拿着这块新刻假牙牌去换回原先的赝品，这样，既拿到了重要证物，也不会惊动任何人。
傅春提出建议后，沈德符尚有所犹豫，王名世却一口同意，当即按照计划行动了起来。经过多方打探，终于得知原先的赝品收藏在东厂仓库的铜匦里。那铜匦专门用来收藏各种绝密文件，只有历任东厂提督才有钥匙。东厂提督陈矩兼任司礼监掌印，大半时间都在紫禁城司礼监官署，要从他那里盗取铜匦钥匙是绝无可能之事。唯一的法子，就是找到一个擅长开锁的工匠，皦生彩自然是最好的人选。
几人遂找来皦生彩商议，他一听到是要进东厂偷东西，连连摆手，无论如何都不肯答应。直到鱼宝宝用王名世的东厂千户身份吓唬他，声称要去官府告发他那作恶多端的兄长皦生光，又许以重金，他才勉强同意。
众人谋划这件大事时，正值妖书案发，京师气氛紧张，东厂也是人进人出。今日王名世正好轮值，遂决意下手。他找来一套校尉的衣服给沈德符换上，又将皦生彩打扮成杂役的样子，带入东厂官署中。等到傍晚仓库守卫吃饭时，三人趁间隙一起溜进仓库。
之后的事情倒也顺利，皦生彩轻而易举就打开那座看起来异常沉重结实的铜匦，证物赝品牙牌果然在其中。沈德符遂用新刻的假牙牌换掉证物，再将铜匦重新锁好。
出来仓库后，王名世便让皦生彩先回藤花别馆，免得三人一起进出引人起疑。皦生彩出来东厂，径直往东而去。经过金鱼胡同时，意外发现有一座老宅子大门上的铜锁极特别，一时心动，既想上去一试身手，又忌惮这里离东厂官署太近，怕被人发现。正踌躇之时，东厂办事旗校李继祖等人经过这里，见他模样鬼鬼祟祟，遂将其逮回东厂。
王名世与沈德符正预备离开东厂时，听院子中有校尉议论，说适才李继祖在金鱼胡同抓到条大鱼。金鱼胡同正是回藤花别馆的最近之路，王名世心中暗叫不妙，进来大堂一看，那被捕的犯人果然是皦生彩。他料想对方不敢说出今日来东厂的目的，毕竟敢在东厂头上动土，活罪难免，死罪难逃，正思虑要如何想个法子营救时，锦衣卫百户崔德却告知皦生彩是来告发其兄长皦生光是妖书案主谋的。这一惊，实在不亚于晴天霹雳了。他恨不得立即捉住皦生彩问个清楚明白，但正如崔德所言，他王名世的名字也在妖书之上，不便再横插一杠子，只得出来叫了沈德符，一起赶回藤花别馆。
傅春和鱼宝宝听说经过，也极是吃惊。堂中一时寂静无声。好半晌，鱼宝宝才期期艾艾地道：“该不会妖书作者真的就是皦生光吧？”傅春道：“决计不会是他。他只是个贪财好利的小人，制造妖书这件事对他一点好处也没有。”
王名世道：“好在皦生彩知道轻重，没有说出今日之事。妖书案牵动朝野，妖书作者到底是谁，也不是我们能操心得了的。”
傅春道：“王兄的意思是，不管皦生光是不是真的妖书作者，这件事也就听之任之了？”王名世道：“难道傅兄还有法子么？”
傅春道：“偷换牙牌是我的主意。如果不是因为我们要人开锁，皦生彩就不会被卷进来，更不会牵扯出皦生光来。现下朝廷急着要找到妖书作者定罪，皦生光如果真的因此而背了黑锅，我觉得挺过意不去的。”一边说着，一边不停地转动左手中指上的金戒指。这是他的习惯性动作，每每心中有难解之事时便会如此。